2014年初，吉林省档案馆发掘了一批日本侵华时期遗留下来的历史档案。中央领导和国家有关部门要求尽快组织专家进行整理研究。我校于2014年3月7日成立了“吉林大学日本侵华史研究中心”，并与吉林省档案馆（局）签署了全面合作协议。组建了以吉林大学东北亚研究中心和吉林省档案馆为核心，联系校内外一百多名专家组成的研究团队，积极开展吉林省档案馆藏日本关东军宪兵队档案的整理和研究工作，承担国家社科基金等各级各类项目十余项，从日本侵华档案的分类、整理入手，对日本侵华档案进行翻译和考订，开展对日本侵华罪行的专题研究，产出一批包括向国家提供政策咨询报告、学术论文、学术专著以及有关档案的影印出版等标志性研究成果。先后出版了《铁证如山》系列著作，发表论文30余篇，提交8篇咨询报告，主办6次国际国内学术会议，产生了重大的社会影响。

日本侵华史研究中心通过开展日本侵华史档案整理和研究，大力推进人才培养的学术梯队建设，加强与包括日本在内的各国学者展开广泛的学术交流与合作，扩大我国在日本侵华史乃至二战史研究领域的国际影响力，使东北亚研究中心在日本侵华档案整理与历史研究方面成为重要的国际交流平台和外交智库。