为了更好的服务于国家外交战略、促进中蒙战略合作，吉林大学于2011年12月依托东北亚研究院成立蒙古研究所。蒙古研究所紧密结合国家和地方的实际需求，加强与政府和企业的合作，组织校内外相关专家学者，重点围绕蒙古国经济、政治、人口与社会发展等领域开展跨学科综合研究。在蒙古经济发展、中蒙经贸关系与区域合作、蒙古矿产资源开发、蒙古人口与社会发展、蒙古政治与外交等领域开展研究，产生了一批有影响的高水平研究成果，为国家外交战略和对外经济合作提供了有价值的咨询建议。

研究所成立以来主要开展以下方面工作：

——科学研究。研究所围绕图们江地区开发、长吉图开发开放中的中蒙经济合作展开了多角度的研究，先后承担了多项研究课题，研究成果有力支持了国家对蒙战略需求以及吉林省对蒙经济合作。承担项目15项，其中纵向项目4项，横向项目11项，经费200余万元。撰写高水平研究报告10篇，其中B 类研究报告 6篇， 为政府的科学决策提供重要依据。

——国际合作。蒙古研究所与蒙古国立大学、蒙古农业大学、蒙古社科院建立了学术交流关系，开展定期互访和合作研究，多次赴蒙古国调研考察，参加国际学术会议，为跟踪研究蒙古国社会经济发展奠定了良好基础。

——参加国际学术会议。研究所组织专家赴蒙古国参加学术会议和实地考察调研。2015年11月，蒙古研究所接受外交部委托课题，赴蒙古开展调研，完成了《东北亚地区国际形势调研分析报告》。

——邀请蒙古学者来吉林大学开展短期学术交流。2015年以来， 分别邀 请 蒙 古 国 立 大 学BOLORMAA Tsogtsaikhan教 授 、Solongo Algaa教 授 、ENKHTSETSEG Byambaa教授、通格博士、卡娃博士以及蒙古科学院国际问题研究所图木尔教授等，来吉林大学进行短期合作交流，开展合作研究，完成了相关研究成果。

——培养蒙古留学生。目前培养了 6 名博士研究生和 5 名硕士研究生，这些学生已经获得学位并且回到蒙古国工作。

——组织出版了蒙古研究系列专著。蒙古研究所每年出版一部蒙古研究专著，近年来连续出版了《蒙古国劳动力与经济增长研究》、《中蒙矿产资源合作研究》、《蒙古国区域经济发展研究》等专著，填补了国内相关研究的空白。