为进一步开展对东北亚地区政治、经济、历史等综合研究，推动东北亚地区合作，促进东北亚地区的和平、发展与繁荣。1999年10月，以东北亚研究院为依托，聘任了校内外从事世界经济、国际政治、东北亚历史等方面的研究人员，成立了吉林大学东北亚研究中心。1999年12月，吉林大学东北亚研究中心经教育部批准，成为首批十五家普通高等学校人文社会科学重点研究基地之一。2003年和2009年，东北亚研究中心顺利通过教育部验收，并于2009年11月被评为优秀重点研究基地。

经过多年的发展，中心主要围绕东北亚地区重大理论问题和现实问题，充分发挥对东北亚区域经济、政治、历史与社会发展领域多学科综合研究的优势，服务于国家重大战略需求和社会经济发展需求，东北亚研究中心逐步成长为以国际问题研究为主、多学科交叉、在国内外有较大影响力的专职研究机构。

中心现有世界经济、区域经济学、人口·资源与环境经济学、人口学、国际政治、世界史等六个硕士和博士学位授权点。中心的主要研究方向包括东北亚区域经济、政治、历史与社会发展等，中心在巩固国别研究优势的同时，注重对东北亚地区基础理论和重大现实问题的综合研究，在东北亚区域经济合作、中日韩FTA、能源安全与合作、区域环境保护、地区安全机制、朝鲜半岛国际关系与朝核问题、图们江地区国际开发、东北老工业基地振兴、日本侵华史研究、中国人口老龄化研究等方面取得一系列重要的研究成果。